«Какое великое утешение — вера наша!..»

В 1943 г. несмотря на перемену официальной политики в отношении Церкви не прекратились преследования церковных деятелей, находившихся в оппозиции к митрополиту Сергию (Страгородскому). В их числе был и епископ Афанасий (Сахаров). Его арест был произведен по обвинению «в проведении про–фашистской агитации и распространении провокационных слухов и участии в антисоветской агитации». В 1944 г. дела епископа Афанасия (Сахарова), епископа Василия (Преображенского), иеромонаха Иеракса (Бочарова), священника Петра Шипкова, монахини Ксении (Гришановой) и Н. В. Трапани были объединены в одно следственное производство. Следствие стремилось получить картину стройной и разветвленной организации нелегальной церковной жизни, которая возглавлялась епископом Афанасием в то время, когда большинство оппозиционных архиереев были замучены или расстреляны. Н. Г. Трапани в своих воспоминаниях о святителе Афанасии писала, что в тюрьме, куда она попала вместе с епископом, о. Петром Шипковым, иеромонахом Иераксом и монахиней Ксенией, она столкнулась с созданной ГПУ гипотезой о существовании «Антисоветского церковного подполья».

Владыке инкриминировались тайные богослужения, рукоположения, ему предъявляли обвинения в том, что в своих письмах он отвечал на текущие вопросы церковной жизни.

Приговоренный к восьми годам ИТЛ, он отбывал срок сначала в Сибирских лагерях. Здесь в 1945 г. Владыка узнал об избрании на Архиерейском Соборе Патриарха Алексия (Симанского). Сразу после получении этого известия он и другие священнослужители, близкие ему, стали возносить на своих молитвах имя Святейшего Патриарха Алексия, «как законного первоиерарха Русской Православной Церкви, признанного всеми восточными патриархами, чрез которого совершается и наше единение со Вселенскою Церковию»34.